Bagi Ifdhal Kasim, boleh jadi tahun 2009 merupakan tahun penuh tantangan. Amanah yang disampirkan dipundaknya sebagai Ketua Komnas HAM bukanlah persoalan yang ringan. Toh selama kepemimpinan 2,5 tahun hingga 1999, pria kelahiran tapaktuan Aceh 48 tahun yang lalu ini mampu mengemban tanggungjawab yang besar dalam penegakan HAM di tanah air. “Spektrum pelanggaran HAM semakin meluas. Maka amanah dan komitmen itu harus ditunaikan dengan penuh tanggung jawab,” katanya.

Sepanjang 1999 ia disibukkan berbagai aktivitas pelaksanaan fungsi Komnas HAM, baik di internal maupun eksternal organisasi, menjadi saksi ahli, menerima pengaduan hingga menjalin kerjasama dengan berbagai kalangan di tingkat nasional, regional maupun internasional.

Salah satu aktivitas pimpinan yakni membentuk forum lembaga non-struktural dimana Ketua Komnas HAM menjabat sebagai ketunanya. Forum ini lahir untuk merespon peristiwa kriminalisasi pimpinan KPK, Bibit Samad Riyanto dan Chandra M. Hamzah. Dalam forum ini, Komnas HAM menggandeng Komisi Yudisial, KPK, PPATK, dan ORI agar ke depan tak ada lagi kriminalisasi dalam melaksanakan fungsi lembaga.

Selama 2009, alumnus Fakultas Hukum UII Yogyakarta ini juga melakukan aktivitas fungsi Komnas HAM. Ia turut aktif dalam berbagai penanganan kasus, misalnya kasus dana perwalian yang melibatkan masyarakat Timika dengan PT Freeport Indonesia. Komitmen sebagai Ketua Komnas HAM di tahun 2009 juga diuji saat berlangsung pesta demokrasi legislatif dan Pemilu Presiden. Berkat kepemimpinannya, tim pemantau pelaksanaan pemilu menemukan fakta hilangnya hak sipil politik warga negara karena tidak terdaftar dalam DPT. Ketidakberesan soal DPT ini berdampak pada munculnya hak angket DPR dan Ifdhal Kasim juga terlibat didalamnya sebagai salah satu saksi.

Untuk meluaskan jejaring Komnas HAM, Ifdhal Kasim menjalin kerjasama dengan berbagai institusi HAM negara lain maupun lembaga lainnya serta menandatangani nota kesepahaman (MoU). Nota kesepahaman itu antara lain dilakukan bersama LPSK, Komisi Yudisial, Yordania, Korea Selatan serta Polri.